1.办公室。负责本局综合协调、计划财务、人事与气象科技服务管理工作；负责本行政区域气象法治建设、法规管理与行政执法工作；负责党建与精神文明建设、气象文化建设、纪检监察工作；承担本局目标管理与督查督办、应急管理、安全生产、政务信息、文秘、宣传、信访、保密、固定资产、档案管理、政务中心窗口值守等工作。

2.防灾减灾科。负责组织拟订和督促实施气象灾害防御规划，组织管理气象灾害监测、联防、预警和评估；负责气象灾害防御与应急气象服务管理工作；负责“两个体系”的建设与运行管理；负责气象监测、预报预警、气候资源开发利用、气象信息传播等业务与服务管理工作；负责气象保障组织管理工作；负责人工影响天气和防雷减灾管理工作。

3.气象台。负责观测、预报以及历年数据收集统计，组织开展气象服务、气象法律法规宣传等工作，为气象防灾减灾工作提供技术支持。

盐边县气象局机构规格为正科级。根据上述职责，盐边县气象局设置内设机构3个，气象台为副科级，其余均为正股级。